Чудеса в Почаеве не иссякали никогда. Когда в Лавре были базилиане — все так же стекался народ к Цельбоносной Стопе и чудотворной Почаевской иконе. А в советский период даже был обретен новый святой, по молитвам которого Господь дарует исцеление болящим. Незримое предстояние Матери Бо­жией над Почаевской Лаврой становится очевидным, если вспомнить основные вехи монастырской истории. Одно из зримых чудес произошло в 1675 году, когда монастырь оказался спасен от разграбления неприятелем. Тогда Почаев был осажден турками, и братия монастыря вместе с укрывшимися в нем окрестными жителями молилась за стенами обители, построенными незадолго до того при преподобном Иове, пред чудотворной Почаевской иконой Пресвятой Богородицы. И Пречистая явилась над осажденным монастырем в сиянии, сопровождаемая преподобным Иовом и множеством ангелов. Увидели их даже турки, изумились и начали стрелять по ним, однако стрелы возвращались на­зад, побивая пославших. Потрясенные иноверцы вынуждены были снять осаду. С тех пор это событие почитается в Лавре наряду с явлением Богородицы в столпе огненном и обретением чудотворного образа Почаевского. Именно ему посвящен придел в Похвальной церкви. Конечно, «ратное» чудо, касающееся множества людей, гораздо заметнее, чем то, что происходит с одним человеком. Но свидетельства чудес, произошедших по молитвам Пречистой пред Почаевским Ее образом или у Цельбоносной Стопы, в монастыре записываются с середины XVII века. Исцеления пред Почаевской иконой не прекращались и при униатах, неслучайно же Потоцкий добился коронации иконы.
Судя по всему, продолжалось при базилианах и почитание преподобного Иова, несмотря на то, что был он противником унии, много сделавшим для того, чтобы удержать Лавру в православии как можно дольше. Во всяком случае, в 1777 году Потоцкий даже подал в Ватикан ходатайство о канонизации преподобного Иова Почаевского и пожертвовал требовавшуюся на ведение этого дела сумму. В Риме начавшемуся процессу помешали именно труды православного святого в деле борьбы против греко-католичества — чудо-творения по его молитвам сомнению никто не подверг.
Не одну страницу займут описания чудес, совершившихся только у трех основных святынь — Цельбоносной Стопы, Почаевской иконы Пресвятой Богородицы и мощей преподобного Иова, игумена Почаевского. А XX век подарил нового Почаевского святого, преподобного Амфилохия, и сейчас еще живы люди, которым случалось быть излеченными по его молитвам при его жизни. В Лавре собирают эти свидетельства, чтобы издать отдельной книгой. Среди них есть, например, рассказ одного протоиерея, у которого в 1960-е годы обнаружили рак горла. Он не мог уже ни петь, ни даже говорить. Спустя полгода после посещения преподобного, с которым они вместе отслужили водосвятие, во сне явился ему отец Иосиф и удалил из горла нечто темное. Врач, следившая за развитием болезни, долго не могла поверить, что священник обошелся без операции — в горле были видны следы удаления опухоли.
Про попытки закрыть Лавру, последовавшие вскоре после разорения скита, ходит молва, будто над Троицким собором было явление то ли Самой Богородицы, то ли преподобного Иова. А в закрытом скиту все три десятилетия, пока вновь не был он открыт, очевидцы по ночам иногда слышали ангельское пение.